По указу Екатерины II, напуганной крестьянскими восстаниями, в 1720 году на окраине города Козлова была заложена тюрьма с целью содержания мятежных крестьян, строительство было закончено в 1733 году. Режимный корпус представлял собой трехэтажное здание с камерами и подвальное помещение, где находились: пищеблок, продовольственный склад, овощерезка, прачечная, сушилка, каптерка. Внутри тюрьмы в 1858 на средства купеческого сына Николая Попова была построена тюремная бесприходная церковь «Во имя Божьей Матери» для облегчения страданий находящихся в заключении людей. Она имела один престол – Иконы Божьей Матери «Взыскание погибших». Во время службы в церкви с одной стороны решетки молились заключенные, а с другой – горожане. Закрыта церковь в 1917 году и в дальнейшем перестроена под административное здание. В настоящее время о том, что в следственном изоляторе была церковь, напоминают лишь решетки на окнах в форме крестов. 
     В 1816 году было построено кирпичное административное здание общей площадью 247,5 кв. м, в 1886 году – баня. 
На протяжении многих лет произошли значительные изменения. До 1918 года в России было 76 тюрем. Козловская уездная тюрьма была одной из 18 крупных тюрем России (наряду с Московской, Санкт-Петербургской…), начальнику по штату полагался чин подполковника, а в остальных тюрьмах – только чин капитана. Она находилась в ведении Тамбовской тюремной инспекции, после 1918 года стала относиться к Карательному (Тюремному) отделу Наркомюста РСФСР, затем к Карательному отделу Губюста, в 1922 году – К Губернскому управлению местами заключения и называлась Козловский ИТД (Исправдом), после 1937 года – к Отделу мест заключения УНКВД по Тамбовской области и вновь называлась тюрьмой. До 1962 года на территории СИЗО находились два режимных здания: пересыльная тюрьма, которая благодаря своему удобному географическому положению (город Мичуринск является крупным узлом железнодорожных путей, ведущих на юг, на восток и на север России) выполняла функции транзита заключенных, и следственны изолятор. В 1961 году тюрьма и следственный изолятор, в связи с массовой амнистией по стране, были закрыты, как и многие такие же режимные объекты, личный состав сокращен. В 1962 году был вновь открыт следственный изолятор, который стал выполнять функции по содержанию подозреваемых, обвиняемых и осужденных, а, кроме того, по транзиту заключенных. Общая площадь зданий и сооружений – 2645 кв. метров. В здании пересыльной тюрьмы в 1961 году была открыта швейная фабрика «Динамо». 
     В 1962 году были построены на территории следственного изолятора кузница, сапожная мастерская, в 1967 году – механическая мастерская, на втором этаже которой находился клуб для заключенных. В 1983 году для сотрудников следственного изолятора был построен одноэтажный четырехквартирный жилой дом, гаражи для автотранспорта учреждения, овощехранилище, тир. 
     В 1980 году на стенах режимного корпуса появились первые трещины. В 1984 году сотрудниками ЦНИИСК имени Кучеренко г. Саратова было произведено обследование состояния здания режимного корпуса. Было сделано заключение «Здание находится в аварийном состоянии». Из-за этого в 1985 году, несмотря на попытки укрепить здание, сделав его стяжку, был закрыт третий этаж режимного корпуса, в 2001 году – второй этаж, в 2002 году – весь режимный корпус. 
В 1986 году Тамбовским областным Советом народных депутатов было подписано распоряжение «Об утверждении проектно-сметной документации на строительство СИЗО на 600 мест в городе Мичуринске», и началось строительство нового изолятора, но в связи с недостаточным финансированием строительство было заморожено. 25 июня 2002 года был подписан приказ №174 МЮ РФ о ликвидации учреждения ИЗ-68/3 по адресу: г. Мичуринск, ул. Советская, д.232. В 2005 году Саратовским проектно-изыскательским институтом МВД России выполнена корректировка проектно - сметной документации на строительство следственного изолятора в г. Мичуринске Тамбовской области. 
      В связи с изменением площади, приходящейся на одного заключенного, и невозможности расширения существующего режимного корпуса (по результатам технического обследования), изменяется лимит наполнения изолятора с 600 до 375 человек.
      После принятия Федеральной целевой программы «Развитие Уголовно-исполнительной системы (2007-2016гг.), куда вошло строительство следственного изолятора в г. Мичуринске, начался новый этап строительства. С 2007 года строительство объекта велось ООО «ВИЮС». 
Территория СИЗО (площадь 3,0 га) расположена на землях опытно-производственного хозяйства научно-исследовательского института садовода им. И.В. Мичурина. Вся территория поделена на две зоны – режимную и хозяйственную. В комплекс учреждения входят: административное здание; пристройка к административному зданию; режимный корпус; сборно-следственное отделение; медицинская часть со стационаром на 8 коек; баня, прачечная с кухней; универсальный склад; овощехранилище; КПП малого типа; дизельная, трансформаторная, котельная и КНС; общеплощадочные и внеплощадочные инженерные коммуникации; инженерно-технические средства охраны запретной зоны и зданий. 
      Вот и завершилось длившееся несколько лет строительство нового следственного изолятора и 25 марта 2011г. состоялось его торжественное открытие. В официальной церемонии приняли участи начальник управления организации и защиты деятельности следственных изоляторов и тюрем Федеральной службы исполнений России В.Н. Бояринев, начальник управления по вопросам безопасности и правопорядка администрации Тамбовской области Ю.В. Кузьменко, начальник УФСИН России по Тамбовской области полковник внутренней службы А.М. Матвеев, глава Мичуринска В.Н. Макаров, председатель Мичуринского городского суда Е.В. Ламонов, другие официальные лица. Открыт первый, и пока единственный изолятор на 375 мест, построенный в соответствии с евростандартами. Его техническое оснащение также не имеет аналогов среди российских тюрем. Режимный корпус возведен в форме круга с применением усовершенствованных инженерных конструкций. 
Девять месяцев после этого потребовалось на комплектование штата, обучение сотрудников учреждения на базе учебного центра УФСИН России по Тамбовской области. И вот 12 декабря 2012 года состоялся прием в следственный изолятор первых подследственных.